Seit 2004 realisiert er als Dramaturg und künstlerischer Leiter Produktionen im Bereich Musiktheater (Tanzproduktionen, Opern, Oratorien, Performances und szenische Konzerte). Ein Schwerpunkt seiner Arbeiten liegt auf interdisziplinär und partizipativ ausgerichteten Theaterformen. Aufführungen unter seiner künstlerischen Leitung waren am Theaterspektakel Zürich («REQUIEMreloaded»), am Hessischen Staatstheater Wiesbaden («Winterreise») sowie am Theater St.Gallen («Das Herz bebt im Stillen») zu sehen. Zu seinen jüngeren Kulturprojekten gehören der literarische Soundscape «Street Ballads», der in mehreren Museen der Schweiz, Bulgarien und Italien umgesetzt wurde, sowie das Tanz- und Filmprojekt «Sakuntalas Ring» an der Bayerischen Staatsoper. Als Gastdramaturg betreut er am renommierten Suzanne Dellal Centre in Tel Aviv das 1|2|3-Programm für Nachwuchs-Choreografinnen und -Choreografen. Für die Bayerische Theaterakademie August Everding unterrichtet er als Dozent die Fächer Dramaturgie, Ästhetik und Theater- und Tanzgeschichte.

Bis 2004 war Serge Honegger als Regieassistent für das Opernhaus Zürich tätig und begleitete u.a. den «Ring»-Zyklus von Robert Wilson. Als Dramaturg betreute er Heinz Spoerlis Inszenierung von Jean-Philippe Rameaus «Les indes galantes» mit dem Ballett Zürich. Anschliessend folgte Vladimir Malakhovs «Cinderella» an der Staatsoper unter den Linden Berlin. Als Dramaturg und Regiemitarbeiter von Rebecca Horn realisierte er 2010 «Elektra» für die Internationalen Maifestspiele am Hessischen Staatstheater Wiesbaden. Bis 2015 wirkte er als Leitender Dramaturg am Theater St.Gallen für die Produktionen des Musiktheaters und wechselte danach an die Universität St.Gallen. Hier promovierte er im Programm «Organisation und Kultur» mit einer Arbeit zu künstlerischen Modalitäten der Führung in der Postmoderne (Titel: «Lenkung und Ablenkung», Schwabe-Verlag).

Zu den Tanz- und Theaterschaffenden, mit denen Serge Honegger zusammenarbeite, zählen u.a. Franziska Angerer, Özkan Ayik, Stefania Ballone, Martina Borsche, Bodo Busse, Liliana Cavani, Angela Dauber, David Dawson, Annette De Pover, Serge Dorny, Charlotte Edmonds, Jürgen Flimm, Marco Goecke, Yossi Berg & Oded Graf, Claus Guth, Daniel Hay-Gordon, Gudrun Hartmann, Peter Heilker, Jens-Daniel Herzog, Edouard Hue, Alexandra Jud, Linda Kapetanea & Jozef Frucek, Laurent Hilaire, Andrey Kaydanovskiy, Konstantin Keykhel, Marcel Leemann, Sol León und Paul Lightfoot, Jonathan Lunn, Vladimir Malakhov, Yuki Mori, Marion Motin, Aglaja Nicolet, Madame Nielsen, Nicolas Paul, Naomi Perlov, Filipe Portugal, Angelin Preljocaj, Alexei Ratmansky, Jordi Roig, Marco Santi, Liam Scarlett, Johannes Schmid, Anoosha Shastry, Heinz Spoerli, Andrew Skeels, Stephan Thoss, Alexandra van Gastel-Jud, Beate Vollack, Barbara Weber, Robert Wilson und Igor Zelensky.